Sejak menjadi fakultas tersendiri, Fakultas Kehutanan UGM dilengkapi dengan bagian sebagai unsur pelaksana akademik dan laboratorium sebagai perangkat penunjang pelaksanaan program-program akademik. Organisasi Fakultas diatur dalam Anggaran Rumah Tangga UGM berdasarkan keputusan Majelis Wali Amanat UGM Nomor 12/SK/MWA/2003. Organisasi Fakultas terdiri atas: Senat Fakultas, Pimpinan Fakultas, Bagian, Laboratorium/Studio, Unit Pelaksana Administrasi Fakultas, dan Unit lain yang dianggap perlu. Struktur Organisasi Fakultas Kehutanan UGM berdasarkan Keputusan Senat Fakultas Kehutanan UGM Nomor 02/SF/SK/2010 adalah sebagai berikut :

Struktur Organisasi Fakultas Kehutanan mengalami penyesuaian berkaitan dengan penataan program Diploma dan adanya Surat Keputusan Rektor No 89/P/SK/HT/2010 tgl 1 Februari 2010 tentang pengesahan perubahan ke empat bagian/program studi di Fakultas Kehutanan menjadi satu dengan nama Prodi Kehutanan. Mengacu desain penataan yang baru, Program Diploma Kehutanan selanjutnya akan bernaung di bawah Sekolah Vokasi UGM dan tidak lagi berada di bawah naungan Fakultas Kehutanan. Berdasarkan SK Rektor No. 89/P/SK/HT/2010 dan AD/ART Universitas Gadjah Mada empat Jurusan selanjutnya berubah menjadi empat Bagian, yaitu Bagian Manajemen Hutan, Bagian Silvikultur, Bagian Teknologi Hasil Hutan, dan Bagian Konservasi Sumberdaya Hutan